Данная базилика была построена над пещерой Рождества Христова в Вифлееме, примерно, в 333 году матерью императора Константина Великого – императрицей Еленой. В 529 году в ходе Самаритянского восстания храм Рождества Христова был уничтожен пожаром. Базилика была восстановлена в 565 году по распоряжению императора Юстининана. Храм пережил персидскую экспансию (VII век). Во время крестовых походов христианскими миссионерами рядом с базиликой Рождества Христова был построен комплекс монастырей, охраняемый стеной. Сам храм при крестоносцах стал выполнять роль кафедры латинского епископа Аскалона и Вифлеема (до 1187 года)
В 1187 году Вифлеем был взят армией Саладина, но уже в 1229 году перешел под покровительство франков. С 1244 года начался темный этап в истории храма Рождества Христова. В 1244 году храм осквернили тюрки-хорезмийцы, в 1263 году был разрушен один из комплекса монастырей окружавших базилику, а в 1266 году султаном-мамлюком Байбарсом I были вывезены в Каир колонны и мрамор храма. Лишь с 1271 года базилика Рождества Христова вновь была открыта для паломников.
Территория базилики разделена по сферам влияния между православной и католической церковью. Католики обладают престолом в приделе Яслей у пещеры Рождества (с 1347 года), а православные контролируют главный алтарь храма Рождества Христова и мужской монастырь на юге от базилики. В 1834 году землетрясение, а затем пожар в 1869 году, серьезно повредили конструкцию храма рождества Христова. Базилика была отремонтирована во многом благодаря пожертвованиям российских императоров Александра III и Николая II. Следует отметить, что за свою историю базилика Рождества не раз реконструировалась и перестраивалась. На сегодняшний день площадь храма Рождества Христова составляет 12000 м2.