Богородице-Алексеевский монастырь является одним из старейших и крупнейших монастырей в Сибири. Его история насчитывает более четырехсот лет.
Основание монастыря относится к началу XVII века. Точное время его возникновения неизвестно, но по некоторым источникам он был основан в 1605 году, а по другим – в 1622 году. Однако известно, что монастырь точно существовал в 1630-е годы.
Вначале Богородице-Алексеевский монастырь находился на месте впадения реки Киргизки в Томь, назывался Усть-Киргизским монастырем и был перенесен на Юрточную гору в 1658 году. В 1663 году монастырь был переименован в Богородице-Алексеевский, когда была освящена церковь во имя святого Алексея, человека Божия.
В XVII веке монастырь являлся владельцем 400 крепостных крестьян и имел земельные угодья на реках Томи и Оби. Также при монастыре была открыта больница, а в 1746 году открылась первая томская школа – Томское русское духовное училище, которое в 1762 году преобразовано в русско-латинское. С 1858 года духовная семинария с обширной библиотекой также действовала при монастыре.
В течение своей истории монастырь был местом ссылки нарушителей монастырских уставов и содержал в себе также и светские лица.
Главным монастырским храмом является Казанская церковь, имеющая также приделы в честь святого Алексея и святых Флора и Лавра. Изначально постройка была деревянной, неоднократно сгорала. В 1789 году было построено современное каменное церковное здание в стиле сибирского барокко. В церкви находился особо почитаемый образ Божией матери “Неопалимая купина”.
В 1830-е годы монастырь был окружен каменными стенами и башнями-часовнями по проекту томского архитектора К. Г. Турского. На территории монастыря находились сад, озеро, летние кельи и кладбище. К югу от монастыря располагалась монастырская роща, которая сохранялась до начала XX века.
В 1918 году монастырь был закрыт советскими властями и превращен в тюрьму. В 1922 году в монастыре был организован Специальный уголовный отдел НКВД Сибири, который занимался репрессиями против политических оппонентов режима. В 1930 году монастырь был ликвидирован, церковные здания были переданы под различные государственные нужды.
В 1991 году на основе Богородице-Алексеевского монастыря был возрожден Томский духовный учебный центр, который в настоящее время является крупнейшим православным центром в Сибири. Восстановленные церковные здания служат для богослужений и религиозных мероприятий.
Богородице-Алексеевский монастырь – это не только религиозный центр, но и объект культурного наследия России. Его архитектура и история привлекают многих туристов и паломников. Сегодня монастырь продолжает служить духовным центром и важным элементом культурной и исторической жизни города Томска и всей Сибири.